病原学诊断是感染性疾病的金标准。

前期武汉地区由于病人太多，而能进行核酸检测的实验室太少，大量病人等待检测，结果又没有预想的那么可靠，不得以武汉市有临床医生呼吁用胸部CT“代替”病毒核酸检测；也有报道痰标本的敏感性高于咽拭子，但会增加痰的液化这一步流程（采样杯中装入2ml蛋白酶K）,也会因液化不理想而导致假阴性结果；支气管肺泡灌洗液标本采集难度大（临床医生无菌操作下吸取≥5ml）；收集粪便进行核酸检查不方便（黄豆大小粪便标本3~5g，置于含2ml生理盐水采集管中）；在没有或难以获得呼吸道分泌物的患者，可以采集血液标本送检。目前国内外仍以分离到新型冠状病毒核酸阳性为确诊标准。

确诊患者中咽拭子的阳性率大致为30%-50%。前段时间王辰院士在中央电视台采访时提出，确诊患者中咽拭子的阳性率仅为30%-50%；据四川大学华西医院刘焱斌网络首发的文献报道，对武汉市红十字会医院100例新型冠状病毒肺炎病例同时留取咽拭子和鼻拭子，咽拭子阳性检出率54%，而鼻拭子取样标本的病毒核酸阳性率89%；而据媒体报道的典型病例，是某患者咽拭子标本3次核酸检测阴性，收住院后在抢救过程中采集肺泡灌洗液标本核酸检测阳性。综合分析如下：

　　常见的客观原因：鼻、咽拭子最常用，但与病程密切相关，早期病毒分布在上呼吸道，随着病情发展，上呼吸道病毒被清除，而下呼吸道病毒载量反而升高，到后期可能就不易从鼻、咽拭子检出。

　　常见主观原因：如果医务人员采样不熟练或位置不准确；刮取标本时患者的反应比较大；采集时医务人员正面对着患者口腔，有飞沫和气溶胶传染途径的风险，取样时间较短或力度不够，很难采集足够标本，导致检测假阴性出现。

　　

为什么选择尼龙植绒拭子而不是普通棉签？
　　采样拭子的材质、质量对样本质量也很重要。尼龙植绒拭子上的绒毛，能增加拭子与咽部接触的表面积，可以最大化地转移细胞到拭子的表面。一项国外的研究发现，植绒拭子在转移表面微生物的效率比棉拭子高20%～60%。

　　站在患者侧面的鼻拭子采样，风险低于站在患者正面的咽拭子。
　　采集咽拭子标本，需行三级防护，在采样的过程中患者可能因为咽部不适会突然恶心、咳嗽等，造成飞沫飞溅。即便有些采集咽拭子标本的工作场地被安排在室外，以保证有效通风，但仍不能保证此项操作的高风险性。而鼻拭子采样，可站在患者侧面，并且避开了患者敏感的咽反射的触发（常表现为恶心反应，严重者可出现呕吐，其触发区域为咽后壁、舌根和双侧腭弓）。
　　因此，鼻拭子采样风险低于咽拭子采样风险。

——引用自《今日新鲜事》